Met alle drie de rijders onder de 1'39 was het YART Yamaha team op vrijdagochtend in de kwalificatie voor de 12 uur van Estoril het snelste en meest constante team. Karel Hanika, Marvin Fritz en Niccolò zijn dan ook de favorieten voor de overwinning van de laatste race van het 2019/2020 seizoen, dat vanwege COVID-19 tot slechts 4 races is ingekort.
Winnaars van de recente 24 uur van Le Mans F.C.C. Honda reden in de kwalificatie de tweede tijd, op 4-tiende seconde van YART - Yamaha. Josh Ook, Freddy Foray en Mike Di Meglio bleven in de kwalificatie het BMW Motorrad World SBK team maar nipt voor.
Markus Reitenberger van het door de Belg Werner Daemen gerunde BMW Motorrad fabrieksteam was met een 1'38.447 in zijn kwalificatie sneller dan de YART - Yamaha coureurs geweest, maar ondanks dat Kenny Foray en vierde rijder Peter Hickman hun tijden hadden weten te verbeteren ten opzichte van donderdag, was dat niet genoeg om de tweede plaats van F.C.C. Honda af te snoepen.
Leider in het 2019/2020 kampioenschap Suzuki Endurance Racing Team (SERT) maakte het vier verschillende merken in de top 4. Rijders Etienne Masson, Gregg Black en onze zuiderbuur Xavier Simeon reden een gemiddelde rondetijd van 1'39.721 en waren daarmee weliswaar een halve seconde langzamer dan het BMW team geweest, maar bleven het Poolse privé team Wójcik Racing 7 honderdste seconde voor.
Teleurstellend verliep de kwalificatie voor de regerend wereldkampioen Webike SRC Kawasaki, dat niet verder kwam dan een 8e tijd, op 1,4 seconden van YART - Yamaha. Het team met Jérémy Guarnoni, Erwan Nigon en David Checa heeft nog een theoretische kans de wereldtitel te prolongeren, maar zal dan wel moeten hopen dat SERT met mechanische pech uitvalt en zelf de race vanaf het eerste uur moeten controleren.
De gemiddelde rondetijd van SRC Kawasaki, dat dit jaar de overstap naar Michelin is overgestapt dat weer voet aan de aarde probeert te krijgen in een mondiale raceserie waar nog vrije bandenkeuze is, was bijna 3 tiende langzamer dan ERC Endurance, dat dit jaar op de Panigale V4 R is overgestapt en vanuit Italië officiële fabrieksondersteuning krijgt.
12 uur Estoril, uitslag kwalificatie:
| No | Team | Motor | Klasse | gem. tijd | verschil | |
| 1 | 1 | YART - YAMAHA | Yamaha YZF-R1 | EWC | 1'38.789 | |
| 2 | 5 | F.C.C. TSR Honda | Honda CBR1000RR-R | EWC | 1'39.169 | +0.380 |
| 3 | 37 | BMW Motorrad World Endurance Team | BMW S 1000 RR | EWC | 1'39.209 | +0.420 |
| 4 | 2 | Suzuki Endurance Racing Team | Suzuki GSX-R1000 | EWC | 1'39.721 | +0.932 |
| 5 | 77 | Wójcik Racing Team | Yamaha YZF-R1 | EWC | 1'39.795 | +1.006 |
| 6 | 333 | VRD IGOL PIERRET EXPERIENCES | Yamaha YZF-R1 | EWC | 1'39.886 | +1.097 |
| 7 | 6 | Team ERC Endurance | Ducati Panigale V4 R | EWC | 1'39.910 | +1.121 |
| 8 | 11 | Team SRC Kawasaki | Kawasaki ZX-10RR | EWC | 1'40.186 | +1.397 |
| 9 | 55 | National Motos | Honda CBR1000RR-R | EWC | 1'40.726 | +1.937 |
| 10 | 96 | Team Moto Ain | Yamaha YZF-R1 | SST | 1'40.802 | +2.013 |
