De slotfase van de derde vrije training ontpopte zich tot een mini-kwalificatie, dankzij het nieuwe kwalificatiesysteem dat vanaf dit seizoen in twee delen is gesplitst, Q1 en Q2. In Q1 worden de startplaatsen vanaf de 13e plaats verdeeld, in Q2 wordt om de pole position gestreden. De snelste 10 coureurs uit de vrije training gaan automatisch door naar Q2, terwijl de laatste twee plaatsen naar de snelste coureurs uit Q1 gaan. Wat zich vertaalde naar een spannend slot van de derde vrije training, waar door de prototype coureurs alles op alles werd gezet om een plaats in Q2 veilig te stellen.
Met nog minder dan tien minuten op de klok was het Andrea Dovizioso die vriend en vijand verraste door de kansloos geachte Ducati GP13 naar de derde plaats te sturen, achter Jorge Lorenzo en Cal Crutchlow die lange tijd het veld aan zouden voeren. Teamgenoot Hayden reed ook de voegen uit z'n lijf om zijn 12e plaats in zijn laatste run naar de achtste plaats te verbeteren. Pramac coureurs Andrea Iannone en Ben Spies leken halverwege de training hun plek in Q2 te hebben veiliggesteld, maar vielen tegen het slot terug naar P11 en P12 en zullen morgen in Q1 alles op alles moeten zetten om door naar Q2 te kunnen gaan.
Het gevecht om een directe plek in Q2 ging achter de rug van Jorge Lorenzo, die een groot deel van de derde vrije training het veld aan wist te voeren. De coureurs hadden veel last van zand op de baan, waardoor de tijden ver verwijderd bleven van het ronderecord. Vooral de Honda's leken hier de meeste last van te hebben. Pedrosa, die de eerste en tweede vrije training niet verder dan een 8e en 7e plaats was gekomen, klaagde over problemen met het insturen van de RC213V en ging meermaals in de eerste bocht rechtdoor. Ook Marquez en Bradl maakten meermaals hetzelfde uitstapje over de extra asfaltstrook buiten de baan.
In zijn laatste run wist Marquez eindelijk zijn tijd uit de tweede vrije training aan te scherpen en zette opnieuw de snelste tijd, na de tweede vrije training ook al het snelst te zijn geweest. Marquez was slechts éénduizendste seconde sneller dan wereldkampioen Jorge Lorenzo, terwijl Cal Crutchlow op tweeënhalftiende de derde tijd had neergezet. Rossi zette zijn snelste tijd in zijn laatste run en verdreef daarmee met een miniem verschil van éénduizendste Andrea Dovizioso van de vierde plaats.
In tijden zijn de verschillen in de MotoGP niet zo klein geweest. De top 10 eindigde de vrije training binnen één seconde, terwijl de snelste CRT coureur Aleix Espargaro met de dertiende tijd slechts 1,3 seconden langzamer is.
Grand Prix Qatar, tijden vrije training MotoGP:
| 1 | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 344.2 | 1'56.084 | |
| 2 | Jorge LORENZO | SPA | Yamaha Factory Racing | Yamaha | 341.0 | 1'56.085 | 0.001 / 0.001 |
| 3 | Cal CRUTCHLOW | GBR | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 337.5 | 1'56.326 | 0.242 / 0.241 |
| 4 | Valentino ROSSI | ITA | Yamaha Factory Racing | Yamaha | 340.2 | 1'56.416 | 0.332 / 0.090 |
| 5 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 343.0 | 1'56.417 | 0.333 / 0.001 |
| 6 | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 344.4 | 1'56.502 | 0.418 / 0.085 |
| 7 | Alvaro BAUTISTA | SPA | GO&FUN Honda Gresini | Honda | 341.0 | 1'56.572 | 0.488 / 0.070 |
| 8 | Nicky HAYDEN | USA | Ducati Team | Ducati | 340.2 | 1'56.670 | 0.586 / 0.098 |
| 9 | Bradley SMITH | GBR | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 332.6 | 1'56.901 | 0.817 / 0.231 |
| 10 | Stefan BRADL | GER | LCR Honda MotoGP | Honda | 343.0 | 1'56.984 | 0.900 / 0.083 |
| 11 | Andrea IANNONE | ITA | Energy T.I. Pramac Racing | Ducati | 342.2 | 1'57.169 | 1.085 / 0.185 |
| 12 | Ben SPIES | USA | Ignite Pramac Racing | Ducati | 341.2 | 1'57.308 | 1.224 / 0.139 |
| 13 | Aleix ESPARGARO | SPA | Power Electronics Aspar | ART | 325.2 | 1'57.420 | 1.336 / 0.112 |
| 14 | Hector BARBERA | SPA | Avintia Blusens | FTR | 320.7 | 1'57.956 | 1.872 / 0.536 |
| 15 | Yonny HERNANDEZ | COL | Paul Bird Motorsport | ART | 320.7 | 1'58.211 | 2.127 / 0.255 |
| 16 | Randy DE PUNIET | FRA | Power Electronics Aspar | ART | 324.2 | 1'58.396 | 2.312 / 0.185 |
| 17 | Colin EDWARDS | USA | NGM Mobile Forward Racing | FTR Kawasaki | 320.8 | 1'58.863 | 2.779 / 0.467 |
| 18 | Karel ABRAHAM | CZE | Cardion AB Motoracing | ART | 318.2 | 1'59.180 | 3.096 / 0.317 |
| 19 | Hiroshi AOYAMA | JPN | Avintia Blusens | FTR | 318.3 | 1'59.212 | 3.128 / 0.032 |
| 20 | Danilo PETRUCCI | ITA | Came IodaRacing Project | Ioda-Suter | 321.2 | 1'59.755 | 3.671 / 0.543 |
| 21 | Bryan STARING | AUS | GO&FUN Honda Gresini | FTR Honda | 322.8 | 1'59.758 | 3.674 / 0.003 |
| 22 | Lukas PESEK | CZE | Came IodaRacing Project | Ioda-Suter | 317.8 | 1'59.837 | 3.753 / 0.079 |
| 23 | Michael LAVERTY | GBR | Paul Bird Motorsport | PBM | 317.1 | 2'00.080 | 3.996 / 0.243 |
| 24 | Claudio CORTI | ITA | NGM Mobile Forward Racing | FTR Kawasaki | 317.8 | 2'00.439 | 4.355 / 0.359 |
