In de kwalificatie voor de zestiende ronde van de MotoGP in de zuidkust van Australië was er geen maat op Marc Marquez. De drievoudig MotoGP wereldkampioen was in de derde vrije training op een natte baan weliswaar onderuit gegaan, maar was wel het snelst geweest en had daarna ook de droge vierde vrije training op de medium Michelins gedomineerd, waar Johann Zarco en Andrea Iannone hun tweede en derde tijd met de zachte Michelins hadden gerealiseerd.
Andrea Dovizioso had in de vierde vrije training zijn snelste tijd ook met de medium Michelins gerealiseerd, maar was wel zestiende seconde langzamer dan Marc Marquez geweest. Bovendien ging Dovi hard onderuit, waardoor hem in Q2 het vertrouwen ontbrak en hij uiteindelijk genoegen moest nemen met een elfde plaats op de grid. “Op Phillip Island moet je ontzettend veel vertrouwen hebben in je voorband, als je dat niet hebt geef je in de snelle bochten zomaar eentiende seconde toe. Bovendien maakte ik ook nog een drietal foutjes in mijn snelle ronde, maar mijn rondetijd weerspiegelt niet waar we in de race toe in staat zullen zijn,” aldus Andrea Divizioso.
Dat Phillip Island duidelijk geen Ducati circuit is bleek overduidelijk in de kwalificatie. Dovizioso had zich als enige Ducati coureur rechtstreeks voor Q2 gekwalificeerd, de rest moest eerst in Q1 aan de bak en wist ook daar geen potten te breken. Karel Abraham eindigde Q1 als beste Ducati op de 5e plaats, nog voor Jorge Lorenzo die het vertrouwen in de Desmosedici GP17 volledig ontbrak en vroegtijdig de handdoek al in de ring had gegooid. Danilo Petrucci deed nog een ijdele poging om door te stoten naar Q2, maar ging bij het aanremmen van de haarpin na Lucky Heights keihard onderuit. Rossi en Bradley Smith waren de twee coureurs die vanuit Q1 door mochten gaan naar Q2.
Bij het vrijgeven van de pitstraat in Q2 was Marc Marquez er als de kippen bij, maar had meteen Andrea Iannone en Jack Miller in zijn achterwiel. In zijn eerste vliegende ronde speelde Marquez nog op safe en postte een tijd van 1’29.314, een tijd waar Iannone op de Suzuki GSX-RR direct onderdoor dook. Een ronde later zette Marquez de eerste 1’28’er van het weekend, maar werd in de tweede run achtereenvolgens door Johann Zarco en Maverick Vinales terugverwezen naar de derde plaats op de grid. Geïrriteerd door coureurs die hem als sleepje wilden gebruiken brak Marquez de eerste vliegende ronde van zijn tweede run af, maar was daarna onnavolgbaar en reed met een tijd van 1’28.386 naar zijn zevende pole position van het seizoen.
MotoGP Phillip Island, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | km/u | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 335.5 | 1'28.386 | |
| 2 | Maverick VIÑALES | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 337.0 | 1'28.719 | 0.333 / 0.333 |
| 3 | Johann ZARCO | FRA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 336.9 | 1'28.744 | 0.358 / 0.025 |
| 4 | Andrea IANNONE | ITA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 337.8 | 1'28.937 | 0.551 / 0.193 |
| 5 | Jack MILLER | AUS | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 336.2 | 1'28.964 | 0.578 / 0.027 |
| 6 | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 340.4 | 1'29.030 | 0.644 / 0.066 |
| 7 | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 336.1 | 1'29.203 | 0.817 / 0.173 |
| 8 | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 335.9 | 1'29.271 | 0.885 / 0.068 |
| 9 | Bradley SMITH | GBR | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 338.0 | 1'29.321 | 0.935 / 0.050 |
| 10 | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda | Honda | 336.3 | 1'29.429 | 1.043 / 0.108 |
| 11 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 336.8 | 1'29.496 | 1.110 / 0.067 |
| 12 | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 327.9 | 1'29.546 | 1.160 / 0.050 |
| Q2 | |||||||
| 13 | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 335.0 | 1'29.824 | 0.478 / 0.119 |
| 14 | Tito RABAT | SPA | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 333.6 | 1'29.847 | 0.501 / 0.023 |
| 15 | Karel ABRAHAM | CZE | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 341.9 | 1'29.961 | 0.615 / 0.114 |
| 16 | Jorge LORENZO | SPA | Ducati Team | Ducati | 333.2 | 1'30.085 | 0.739 / 0.124 |
| 17 | Loris BAZ | FRA | Reale Avintia Racing | Ducati | 333.9 | 1'30.224 | 0.878 / 0.139 |
| 18 | Danilo PETRUCCI | ITA | OCTO Pramac Racing | Ducati | 338.0 | 1'30.471 | 1.125 / 0.247 |
| 19 | Hector BARBERA | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 342.0 | 1'30.543 | 1.197 / 0.072 |
| 20 | Scott REDDING | GBR | OCTO Pramac Racing | Ducati | 329.6 | 1'30.806 | 1.460 / 0.263 |
| 21 | Broc PARKES | AUS | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 329.5 | 1'30.889 | 1.543 / 0.083 |
| 22 | Alvaro BAUTISTA | SPA | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 340.6 | 1'30.900 | 1.554 / 0.011 |
| 23 | Sam LOWES | GBR | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 328.3 | 1'31.158 | 1.812 / 0.258 |