Waar in de Moto3 en MotoGP de tijden behoorlijk uit elkaar lagen, waren de coureurs van de Moto2 tijdens hun kwalificatie weer goed aan elkaar gewaagd. Maar liefst 17 keer werd er een nieuwe snelste tijd gezet, door in totaal 8 coureurs. De top 11 wist zich binnen één seconde te kwalificeren, terwijl maar liefst 26 coureurs minder dan twee seconden van de pole position verwijderd waren.
De snelste tijd werd ditmaal door Pol Espargaro opgeëist, die in zijn allerlaatste ronde, met de officiële tijd al verstreken, er een behoorlijk snelle ronde uit wist te persen en met een verschil van 0.032 seconden de pole position van zijn teamgenoot overnam. De Japanner Takaaki Nakagami, die op vrijdag nog de snelste tijd had gerealiseerd, moest in de kwalificatie met de derde tijd genoegen nemen, op negenhonderdste seconde van de pole.
Moto2 San Marino, tijden kwalificatie:
| 1 | Pol ESPARGARO | SPA | Tuenti HP 40 | Kalex | 1'37.666 | |
| 2 | Esteve RABAT | SPA | Tuenti HP 40 | Kalex | 1'37.698 | 0.032 / 0.032 |
| 3 | Takaaki NAKAGAMI | JPN | Italtrans Racing Team | Kalex | 1'37.756 | 0.090 / 0.058 |
| 4 | Thomas LUTHI | SWI | Interwetten Paddock Moto2 Racing | Suter | 1'37.795 | 0.129 / 0.039 |
| 5 | Scott REDDING | GBR | Marc VDS Racing Team | Kalex | 1'38.210 | 0.544 / 0.415 |
| 6 | Xavier SIMEON | BEL | Maptaq SAG Zelos Team | Kalex | 1'38.331 | 0.665 / 0.121 |
| 7 | Johann ZARCO | FRA | Came Iodaracing Project | Suter | 1'38.340 | 0.674 / 0.009 |
| 8 | Julian SIMON | SPA | Italtrans Racing Team | Kalex | 1'38.364 | 0.698 / 0.024 |
| 9 | Marcel SCHROTTER | GER | Maptaq SAG Zelos Team | Kalex | 1'38.468 | 0.802 / 0.104 |
| 10 | Dominique AEGERTER | SWI | Technomag carXpert | Suter | 1'38.471 | 0.805 / 0.003 |
| 11 | Mattia PASINI | ITA | NGM Mobile Racing | Speed Up | 1'38.545 | 0.879 / 0.074 |
| 12 | Nicolas TEROL | SPA | Aspar Team Moto2 | Suter | 1'38.743 | 1.077 / 0.198 |
| 13 | Danny KENT | GBR | Tech 3 | Tech 3 | 1'38.788 | 1.122 / 0.045 |
| 14 | Jordi TORRES | SPA | Aspar Team Moto2 | Suter | 1'38.849 | 1.183 / 0.061 |
| 15 | Simone CORSI | ITA | NGM Mobile Racing | Speed Up | 1'38.860 | 1.194 / 0.011 |
| 16 | Mika KALLIO | FIN | Marc VDS Racing Team | Kalex | 1'38.891 | 1.225 / 0.031 |
| 17 | Alex MARIÑELARENA | SPA | Blusens Avintia | Kalex | 1'38.930 | 1.264 / 0.039 |
| 18 | Sandro CORTESE | GER | Dynavolt Intact GP | Kalex | 1'38.946 | 1.280 / 0.016 |
| 19 | Randy KRUMMENACHER | SWI | Technomag carXpert | Suter | 1'39.016 | 1.350 / 0.070 |
| 20 | Anthony WEST | AUS | QMMF Racing Team | Speed Up | 1'39.176 | 1.510 / 0.160 |
| 21 | Gino REA | GBR | Gino Rea Montaze Broz Racing | FTR | 1'39.192 | 1.526 / 0.016 |
| 22 | Alex DE ANGELIS | RSM | NGM Mobile Forward Racing | Speed Up | 1'39.216 | 1.550 / 0.024 |
| 23 | Louis ROSSI | FRA | Tech 3 | Tech 3 | 1'39.273 | 1.607 / 0.057 |
| 24 | Axel PONS | SPA | Tuenti HP 40 | Kalex | 1'39.354 | 1.688 / 0.081 |
| 25 | Franco MORBIDELLI | ITA | Federal Oil Gresini Moto2 | Suter | 1'39.456 | 1.790 / 0.102 |
| 26 | Jason O'HALLORAN | AUS | JiR Moto2 | Motobi | 1'39.622 | 1.956 / 0.166 |
| 27 | Ricard CARDUS | SPA | NGM Mobile Forward Racing | Speed Up | 1'39.689 | 2.023 / 0.067 |
| 28 | Alberto MONCAYO | SPA | Argiñano & Gines Racing | Speed Up | 1'39.880 | 2.214 / 0.191 |
| 29 | Thitipong WAROKORN | THA | Thai Honda PTT Gresini Moto2 | Suter | 1'40.222 | 2.556 / 0.342 |
| 30 | Steven ODENDAAL | RSA | Argiñano & Gines Racing | Speed Up | 1'40.269 | 2.603 / 0.047 |
| 31 | Ezequiel ITURRIOZ | ARG | Blusens Avintia | Kalex | 1'40.344 | 2.678 / 0.075 |
| 32 | Azlan SHAH | MAL | IDEMITSU Honda Team Asia | Moriwaki | 1'40.517 | 2.851 / 0.173 |
| 33 | Rafid Topan SUCIPTO | INA | QMMF Racing Team | Speed Up | 1'41.096 | 3.430 / 0.579 |
