Ondanks de eerste vrije training te hebben gedomineerd en in de time-attack een nieuw absoluut ronderecord te hebben gezet voorspelde Marc Marquez aan het eind van de dag dat de kwalificatie zeker nog geen uitgemaakte zaak was, dat de verschillen wel eens klein zouden zijn en veel van Fabio Quartararo te verwachten, die voor eigen publiek net dat beetje extra zou kunnen doen.
In de tweede vrije training voorafgaand aan de kwalificatie zette Quartararo inderdaad de snelste tijd, door in zijn tweede run met het kleinste verschil van 66 duizendste seconde onder de tijd van Marc Marquez door te gaan, maar in Q2 leek Marc van een andere planeet.
Met een 1'30.065 ging Marc in zijn eerste vliegende ronde 2 tiende seconde onder de tijd die broer Alex vlak daarvoor had gezet, om een ronde later met een 1'29.442 zijn eigen nieuw absolute ronderecord van vrijdag te verpletteren en de rest van het veld op 6 tiende seconde te zetten.
Niemand die daarna nog in de buurt van de tijd van Marc Marquez leek te kunnen komen. In zijn tweede run zette rookie Fermin Aldeguer met een 1'29.776 de tweede tijd, maar lag niet veel later in de grindbak, waardoor de gele vlaggen moesten worden gezwaaid en veel rondetijden werden gecanceld.
Fabio Quartararo had het echter perfect getimed, omzeilde die gele vlaggen en perste er in de tweede vliegende ronde van zijn tweede run met nog enkele seconden op de klok een 1'29.324 uit, waar Marc zijn snellere ronde in de vierde sector verpestte en zijn eigen tijd niet meer verbeterde.
Het was voor Quartararo zijn derde pole position in zijn thuis-Grand Prix en zijn eerste back-to-back pole position sinds Mugello-Catalunya in 2021. Door in zijn tweede run twee tiende seconde onder de tijd van zijn teamgenoot door te gaan maakte Alex Marquez de eerste startrij compleet.
MotoGP Le Mans, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'29.324 | |
| 2 | Marc Marquez | ESP | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'29.442 | +0.118 |
| 3 | Alex Marquez | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'29.571 | +0.247 |
| 4 | Fermin Aldeguer | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'29.776 | +0.452 |
| 5 | Maverick Viñales | ESP | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'30.023 | +0.699 |
| 6 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'30.047 | +0.723 |
| 7 | Marco Bezzecchi | ITA | Aprilia Racing | Aprilia | 1'30.183 | +0.859 |
| 8 | Jack Miller | AUS | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'30.191 | +0.867 |
| 9 | Franco Morbidelli | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'30.198 | +0.874 |
| 10 | Raul Fernandez | ESP | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'30.385 | +1.061 |
| 11 | Johann Zarco | FRA | CASTROL Honda LCR | Honda | 1'30.444 | +1.120 |
| 12 | Pedro Acosta | ESP | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'30.462 | +1.138 |
| Q1 | ||||||
| 13 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'30.441 | +0.042 |
| 14 | Alex Rins | ESP | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'30.455 | +0.056 |
| 15 | Joan Mir | ESP | Honda HRC Castrol | Honda | 1'30.479 | +0.080 |
| 16 | Luca Marini | ITA | Honda HRC Castrol | Honda | 1'30.505 | +0.106 |
| 17 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'30.651 | +0.252 |
| 18 | Enea Bastianini | ITA | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'30.697 | +0.298 |
| 19 | Ai Ogura | JPN | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'31.576 | +1.177 |
| 20 | Miguel Oliveira | POR | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'31.782 | +1.383 |
| 21 | Lorenzo Savadori | ITA | Aprilia Racing | Aprilia | 1'31.982 | +1.583 |
| 22 | Takaaki Nakagami | JPN | Honda HRC Test Team | Honda | 1'32.544 | +2.145 |