De kwalificatie van de MotoGP op het Balaton Park Circuit voor de eerste Hongaarse Grand Prix in 33 jaar tijd leek op voorhand tussen Marc Marquez en Pedro Acosta te gaan. Acosta had op vrijdagmiddag met het kleinste verschil van 6 duizendste seconde op Marc Marquez de snelste tijd gezet, die op zijn beurt in FP2 8 duizendste seconde sneller dan zijn 21-jarige landgenoot was geweest.
Eerst moest echter nog worden bepaald welke twee coureurs nog toegang zouden krijgen in Q2. Niet de minste namen hadden zich niet rechtstreeks voor Q2 gekwalificeerd: regerend wereldkampioen Jorge Martin met het allerkleinste verschil van 1 duizendste seconde op Fabio Quartararo, een enorme opsteker voor de Fransman en Yamaha na een desastreus verlopen Red Bull Ring, 2-voudig wereldkampioen Pecco Bagnaia, die na de test met de Panigale V4S al wist dat het een zeer moeizaam weekend zou gaan worden - het circuit een aaneenrijging van bochten waarmee hij dit seizoen enorm worstelt - en Marco Bezzecchi, die er maar niet in was geslaagd een perfecte ronde neer te zetten.
In zijn eerste run zette Bezzecchi met een 1'36.974 de allereerste 1'36 op het Balaton Park Circuit op de klok en ging daarmee meer dan 7 tiende seconde onder de tijd die zijn teamgenoot vlak daarvoor had gezet. Na in zijn eerste run geen tijd te hebben gezet dook Pecco Bagnaia in de eerste vliegende ronde van zijn tweede run naar de tweede tijd, zijn 1'37.096 slechts eentiende seconde langzamer dan Bezzecchi, maar het zou niet snel genoeg blijken te zijn.
Eerst ging Jack Miller met het kleinste verschil van 17 duizendste seconde onder de tijd van zijn voormalig teamgenoot door, waarna Brad Binder nog eens 32 duizendste seconde van de tijd van Miller af reed, die voor de Grand Prix op zondag een 3-grid penalty heeft gekregen voor het langzaam rijden op de lijn in de time-attack van de Practice sessie.
In zijn tweede run reed Bezzecchi met een 1'36.800 nog eens 0,174 seconde van zijn eigen tijd af en leek daarmee zo goed als zeker door naar Q2. Bagnaia verspeelde zijn kans met een fout in een van de chicanes, Jorge Martin kwam er niet aan te pas en ook Binder en Miller waren niet meer in staat om hun tijd aan te scherpen. De enige die dat nog wel lukte was Fabio Di Giannantonio, die op de valreep de tweede tijd noteerde en daarmee Binder de toegang tot Q2 ontzegde.
Q2
Als eerste op de baan zette Marc Marquez in zijn allereerste vliegende ronde in Q2 meteen een 1'36.822 op de klok en was daarmee slechts een fractie langzamer dan Bezzecchi in Q1, die in zijn eerste run weer enorm met rempunten worstelde, rechtdoor ging en geen tijd realiseerde. Twee ronden later verbeterde Marquez het all-time ronderecord tot 1'36.646 en was daarmee 0,656 seconde sneller dan Fermin Aldeguer.
Pole-kandidaat Pedro Acosta was op dat moment achterop een scooter al op weg terug naar de pits, na in zijn eerste vliegende ronde achter Tech3 KTM rijder Enea Bastianini in bocht 8 op hoge snelheid onderuit te zijn gegaan en daarbij zijn eerste RC16 volledig af te hebben geschreven. Een crash die desastreus voor zijn kansen voor de pole zou blijken te zijn. Bastianini kwam in zijn eerste run nog het dichtst in de buurt van de tijd van Marquez en zette eveneens een 1'36 op de klok, terwijl Joan Mir verrassend de derde tijd noteerde op 0,593 seconde van Marquez.
Niemand die in de tweede run ook maar in de buurt van de tijd van Marquez wist te komen, behalve de 8-voudig wereldkampioen zelf die in zijn allerlaatste vliegende ronde een 1'36.518 noteerde en daarmee weer afstand nam van Bezzecchi. De Aprilia fabriekscoureur zat in zijn tweede run na twee sectoren onder de tijd van Marquez, maar liet het met name liggen in de derde sector. Zijn 1'36.808 was echter goed genoeg voor de tweede plaats op de eerste rij.
Ook Fabio Di Giannantonio, net als Bezzecchi doorgestroomd vanuit Q1 en net als hem geworsteld in de eerste run, zette in zijn tweede run wel een zeer strakke ronde neer. Op 64 duizendste seconde van Bezzecchi en 7 honderdste seconde voor Bastianini eiste Diggia de derde en laatste plek op de eerste startrij voor zich op.
En Pedro Acosta? Met nog geen tijd op de klok opende de 21-jarige KTM fabriekscoureur zeer voorzichtig met een 10e tijd, klom in zijn tweede vliegende ronde op naar de 4e tijd, maar werd daarna door Di Giannantonio, Franco Morbidelli en Fabio Quartararo naar de zevende plaats teruggezet, om daarna zijn laatste vliegende ronde te moeten opgeven vanwege gele vlaggen als gevolg van een crash van Pol Espargaro.
Fermin Aldeguer, Luca Marini en Joan Mir maakten de top 10 compleet, terwijl de kwalificatie voor Alex Marquez desastreus verliep. De Gresini coureur slaagde er maar niet in om een perfecte ronde aan elkaar te rijgen en kwam daardoor niet verder dan een elfde tijd, en zal daardoor vanwege de 3-grid penalty als gevolg van langzaam rijden op de lijn in de time-attack van de Practice sessie de Grand Prix op zondag vanaf de 14e plaats moeten starten, naast Pecco Bagnaia.
MotoGP Balaton Park Circuit, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Marc Marquez | ESP | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'36.518 | |
| 2 | Marco Bezzecchi | ITA | Aprilia Racing | Aprilia | 1'36.808 | +0.290 |
| 3 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'36.872 | +0.354 |
| 4 | Enea Bastianini | ITA | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'36.942 | +0.424 |
| 5 | Franco Morbidelli | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'37.031 | +0.513 |
| 6 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'37.042 | +0.524 |
| 7 | Pedro Acosta | ESP | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'37.099 | +0.581 |
| 8 | Fermin Aldeguer | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'37.130 | +0.612 |
| 9 | Luca Marini | ITA | Honda HRC Castrol | Honda | 1'37.177 | +0.659 |
| 10 | Joan Mir | ESP | Honda HRC Castrol | Honda | 1'37.239 | +0.721 |
| 11 | Alex Marquez | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'37.249 | +0.731 |
| 12 | Pol Espargaro | ESP | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'37.622 | +1.104 |
| Q1 | ||||||
| 13 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'37.047 | +0.247 |
| 14 | Jack Miller | AUS | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'37.079 | +0.279 |
| 15 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'37.096 | +0.296 |
| 16 | Raul Fernandez | ESP | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'37.348 | +0.548 |
| 17 | Jorge Martin | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | 1'37.378 | +0.578 |
| 18 | Johann Zarco | FRA | CASTROL Honda LCR | Honda | 1'37.429 | +0.629 |
| 19 | Miguel Oliveira | POR | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'37.433 | +0.633 |
| 20 | Alex Rins | ESP | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'37.438 | +0.638 |
| 21 | Ai Ogura | JPN | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'37.915 | +1.115 |