De kwalificatie voor de Grand Prix van Indonesië verliep dramatisch voor de top 3 in het algemeen klassement en dan met name voor Pecco Bagnaia. De regerend wereldkampioen, die sinds Barcelona in de stijd om het WK zijn riante voorsprong op Jorge Martin tot 3 punten heeft zien teruglopen, had zich voor het eerst dit seizoen op vrijdag niet rechtstreeks voor Q2 gekwalificeerd en slaagde daar ook Q1 niet in.
Terwijl de net herstelde Luca Marini vriend en vijand verraste door in zijn tweede run een nieuw absoluut ronderecord te zetten zette Bagnaia de tweede tijd op 2 tiende seconde en leek daarmee met de hakken over de sloot naar Q2 te gaan, tot hij in de laatste minuut door notabene zijn eigen teamgenoot naar P3 werd teruggezet en daarmee voor het eerst dit seizoen zich niet voor Q2 had gekwalificeerd.
De afwezigheid van Bagnaia in Q2 betekende een gouden kans voor Jorge Martin en Marco Bezzecchi, die nu in staat waren een veel betere startpositie te verwerven, maar beiden gingen in hun eerste run onderuit. Bezzecchi als eerste nog voordat hij een vliegende ronde had gezet, waarna Martin in exact dezelfde bocht op dezelfde manier crashte, na al wel een vliegende ronde te hebben gezet.
Martin haastte zich terug naar de pits, sprong op zijn tweede machine en was erop gebrand een zeer snelle tijd te zetten, maar was te agressief en slaagde er niet in een perfecte ronde te realiseren. In zijn eerste vliegende ronde verbeterde hij weliswaar zijn eigen tijd en klom daardoor op naar de vierde plaats, en snoepte twee ronden later nog een fractie van die tijd af, maar zou daarmee terugvallen naar de zesde plaats op de grid.
Bezzecchi ging het nog slechter af, hij slaagde er eveneens niet in om ook maar enigszins in de buurt te komen met de tijden die op vrijdag al door de twee Aprilia fabrieksmachines waren gezet en die ook nu Q2 leken te domineren, meer dan een 9e tijd zat er voor de Mooney VR46 coureur ditmaal niet in.
Dat alles gebeurde achter de rug van de twee Aprilia fabriekscoureurs, die op vrijdag al de PR-sessie hadden gedomineerd en nu met telkens elkaars tijd verbeterend voor een een-twee in de kwalificatie leken te gaan, tot in zijn tweede run met nog iets meer dan 2 minuten op de klok Luca Marini in zijn enige run met het kleinste verschil van 31 duizendste seconde onder de tijd van Vinales door wist te gaan, en zich daarmee voor het eerst in de MotoGP op de pole position kwalificeerde, voor Espargaro en Vinales.
MotoGP Mandalika, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | |||
| 1 | Luca Marini | ITA | Mooney VR46 Racing Team | Ducati | Q2 | 1'29.978 | |
| 2 | Maverick Viñales | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | Q2 | 1'30.009 | +0.031 |
| 3 | Aleix Espargaro | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | Q2 | 1'30.132 | +0.154 |
| 4 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | Q2 | 1'30.516 | +0.538 |
| 5 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | Q2 | 1'30.698 | +0.720 |
| 6 | Jorge Martin | ESP | Pramac Racing | Ducati | Q2 | 1'30.742 | +0.764 |
| 7 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Gresini Racing MotoGP | Ducati | Q2 | 1'30.766 | +0.788 |
| 8 | Marc Marquez | ESP | Repsol Honda Team | Honda | Q2 | 1'30.864 | +0.886 |
| 9 | Marco Bezzecchi | ITA | Mooney VR46 Racing Team | Ducati | Q2 | 1'30.908 | +0.930 |
| 10 | Jack Miller | AUS | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | Q2 | 1'30.970 | +0.992 |
| 11 | Enea Bastianini | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | Q2 | 1'31.061 | +1.083 |
| 12 | Miguel Oliveira | POR | CryptoDATA RNF MotoGP Team | Aprilia | Q2 | 1'31.193 | +1.215 |
| 13 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | Q1 | 1'30.626 | +0.243 |
| 14 | Johann Zarco | FRA | Pramac Racing | Ducati | Q1 | 1'30.713 | +0.330 |
| 15 | Franco Morbidelli | ITA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | Q1 | 1'30.729 | +0.346 |
| 16 | Pol Espargaro | ESP | GASGAS Factory Racing Tech3 | KTM | Q1 | 1'31.006 | +0.623 |
| 17 | Raul Fernandez | ESP | CryptoDATA RNF MotoGP Team | Aprilia | Q1 | 1'31.031 | +0.648 |
| 18 | Augusto Fernandez | ESP | GASGAS Factory Racing Tech3 | KTM | Q1 | 1'31.034 | +0.651 |
| 19 | Joan Mir | ESP | Repsol Honda Team | Honda | Q1 | 1'31.143 | +0.760 |
| 20 | Takaaki Nakagami | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | Q1 | 1'31.192 | +0.809 |
| 21 | Alex Rins | ESP | LCR Honda CASTROL | Honda | Q1 | 1'31.458 | +1.075 |