De kwalificatie begon al met spektakel. Marc Márquez en Fabio Di Giannantonio wisten zich via Q1 alsnog te plaatsen voor de tweede sessie, maar Francesco Bagnaia en Franco Morbidelli werden uitgeschakeld. Voor Bagnaia een enorme teleurstelling, amper vijf dagen na zijn zege in Japan. Ook Jack Miller redde het niet; de Australiër werd vierde in Q1, waar al zijn Yamaha-merkgenoten op vrijdag wél rechtstreeks Q2 hadden gehaald.
Bezzecchi in een andere league
In Q2 gaf Bezzecchi direct zijn visitekaartje af en opende met een 1’29.396, leek in zijn tweede vliegende ronde daar onderdoor te gaan, maar kwam met een 1’29.405 nét te kort. Niemand die daarna nog in staat was om de tijd van Bez te verbeteren, behalve de Aprilia fabriekscoureur zelf die in zijn tweede run de concurrentie verpulverde met een 1’28.832 – op dat moment bijna zeven tienden sneller dan de rest. Niemand kwam ook maar in de buurt van de Italiaan, die zijn dominantie van vrijdag probleemloos doortrok.
Verrassende eerste rij
Achter de ongenaakbare Bezzecchi woedde een felle strijd om de resterende plekken op de eerste startrij. Pedro Acosta leek die aanvankelijk binnen te halen, maar Fermin Aldeguer – overgestapt op zijn tweede machine na problemen – zette een ronde neer die genoeg was voor P2, vier tienden achter Bezzecchi. Tot verrassing van velen zette Alex Rins vanuit het niets ineens de derde tijd op de klok, maar die vreugde was van korte duur.
Tot nog grote verrassing was het namelijk Raul Fernandez die er een derde tijd uit wist te persen, een bevestiging van de enorme stap die Aprilia recent heeft gemaakt, en daarmee voor het eerst in zijn MotoGP carrière van de eerste rij mag starten.
Alex Rins probeerde zich nog terug te vechten naar de eerste rij, maar crashte bij zijn ultieme poging. Ook Alex Márquez ging tegen het asfalt, terwijl broer Marc lange tijd achteraan bungelde. Pas in de slotfase wist de kersverse wereldkampioen zich op te werken naar P9, zonder ooit mee te dingen om de top.
De lijst van crashers werd verder aangevuld door Fabio Quartararo, die in bocht 15 onderuitging bij zijn tweede snelle ronde. De 2021 wereldkampioen moest achterop een scooter terug naar de pits om over te stappen op zijn tweede machine, en zag daarmee zijn kans op een topklassering ook voor de Fransman in rook op.
MotoGP Mandalika, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Marco Bezzecchi | ITA | Aprilia Racing | Aprilia | 1'28.832 | |
| 2 | Fermin Aldeguer | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'29.230 | +0.398 |
| 3 | Raul Fernandez | ESP | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'29.284 | +0.452 |
| 4 | Alex Rins | ESP | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'29.336 | +0.504 |
| 5 | Pedro Acosta | ESP | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'29.343 | +0.511 |
| 6 | Luca Marini | ITA | Honda HRC Castrol | Honda | 1'29.513 | +0.681 |
| 7 | Alex Marquez | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'29.741 | +0.909 |
| 8 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'29.771 | +0.939 |
| 9 | Marc Marquez | ESP | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'29.773 | +0.941 |
| 10 | Miguel Oliveira | POR | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'29.851 | +1.019 |
| 11 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'29.884 | +1.052 |
| 12 | Joan Mir | ESP | Honda HRC Castrol | Honda | 1'29.959 | +1.127 |
| Q1 | ||||||
| 13 | Franco Morbidelli | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'29.718 | +0.136 |
| 14 | Jack Miller | AUS | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'29.957 | +0.375 |
| 15 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'29.996 | +0.414 |
| 16 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'29.996 | +0.414 |
| 17 | Enea Bastianini | ITA | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'30.242 | +0.660 |
| 18 | Johann Zarco | FRA | CASTROL Honda LCR | Honda | 1'30.332 | +0.750 |
| 19 | Somkiat Chantra | THA | IDEMITSU Honda LCR | Honda | 1'30.623 | +1.041 |
| 20 | Maverick Vinales | ESP | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'30.956 | +1.374 |
