Na afloop vond hij zelf ook wel dat hij in zijn laatste rondje, toen het met name in de laatste bocht al weer keihard was gaan regenen, te veel risico had genomen - zeker gezien zijn stand in het wereldkampioenschap, maar op de baan had hij daar totaal nog niet bij stilgestaan en was de zevenvoudig wereldkampioen onnavolgbaar in Q2.
Met delen van het circuit al grotendeels droog zette Marquez slechts één vliegende ronde met regenbanden en dook daarna meteen in de pits, om over te stappen op zijn tweede machine die het team met slicks had klaargezet. Marquez nam daarmee een enorme gok, in zijn eerste vliegende ronde leverde hij alleen al in de eerste sector een volle seconde in.
Met zijn slicks nu goed op temperatuur begon Marquez voortvarend aan zijn tweede vliegende ronde, precies op het moment dat het weer was gaan regenen. Dat deerde Marquez echter niets, aan het eind van zijn tweede vliegende ronde dook Marquez maar liefst 1,2 seconden onder de tijd van Johann Zarco door, die in zijn eerste run op regenbanden de snelste tijd op de klokken had gezet.
Marquez was echter niet de enige die de tweede run op slicks had gegokt, Jack Miller deed precies hetzelfde en dook met nog een halve minuut te gaan eveneens onder de tijd van Zarco. Met een gat op Miller van meer dan een seconde en regen op delen van het circuit weer in alle hevigheid losgebarsten had Marquez de laatste ronde kunnen laten gaan, maar bleef pushen en reed nog eens bijna anderhalve seconde van zijn eigen tijd af. Miller was eveneens bezig met een verbetering van zijn eigen tijd, maar ging in de inmiddels kletsnatte laatste bocht onderuit.
Man van de dag was echter niet Marquez of Miller, maar Johann Zarco die een zeer moeilijk begin van het seizoen zich nu voor het eerst met de KTM in Q2 had gekwalificeerd. De tweevoudig Moto2 wereldkampioen had eerst in Q1 de allersnelste tijd gezet en zich daarmee samen met teamgenoot Pol Espargaro voor Q2 gekwalificeerd, waar hij opnieuw vriend en vijand wist te verrassen met de snelste tijd in de eerste run, een tijd die uiteindelijk alleen door Marquez en Miller op slicks zou worden verbeterd.
MotoGP Brno, tijden kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | km/u | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 304.2 | 2'02.753 | |
| 2 | Jack MILLER | AUS | Pramac Racing | Ducati | 303.3 | 2'05.277 | 2.524 / 2.524 |
| 3 | Johann ZARCO | FRA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 299.1 | 2'05.351 | 2.598 / 0.074 |
| 4 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 299.1 | 2'05.590 | 2.837 / 0.239 |
| 5 | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 301.6 | 2'05.710 | 2.957 / 0.120 |
| 6 | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 299.1 | 2'06.172 | 3.419 / 0.462 |
| 7 | Valentino ROSSI | ITA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 291.1 | 2'06.233 | 3.480 / 0.061 |
| 8 | Danilo PETRUCCI | ITA | Ducati Team | Ducati | 301.6 | 2'06.457 | 3.704 / 0.224 |
| 9 | Maverick VIÑALES | SPA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 296.7 | 2'06.626 | 3.873 / 0.169 |
| 10 | Fabio QUARTARARO | FRA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 294.2 | 2'06.648 | 3.895 / 0.022 |
| 11 | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda CASTROL | Honda | 298.3 | 2'07.123 | 4.370 / 0.475 |
| 12 | Franco MORBIDELLI | ITA | Petronas Yamaha SRT | Yamaha | 284.2 | 2'09.404 | 6.651 / 2.281 |
| Q1 | |||||||
| 13 | Takaaki NAKAGAMI | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 295.8 | 2'05.265 | 0.232 / 0.212 |
| 14 | Francesco BAGNAIA | ITA | Pramac Racing | Ducati | 300.8 | 2'05.286 | 0.253 / 0.021 |
| 15 | Sylvain GUINTOLI | FRA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 297.5 | 2'05.551 | 0.518 / 0.265 |
| 16 | Miguel OLIVEIRA | POR | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 298.3 | 2'05.763 | 0.730 / 0.212 |
| 17 | Stefan BRADL | GER | Repsol Honda Team | Honda | 298.3 | 2'05.974 | 0.941 / 0.211 |
| 18 | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 300.0 | 2'06.284 | 1.251 / 0.310 |
| 19 | Joan MIR | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 296.7 | 2'06.554 | 1.521 / 0.270 |
| 20 | Karel ABRAHAM | CZE | Reale Avintia Racing | Ducati | 295.8 | 2'06.898 | 1.865 / 0.344 |
| 21 | Hafizh SYAHRIN | MAL | Red Bull KTM Tech 3 | KTM | 296.7 | 2'07.155 | 2.122 / 0.257 |
| 22 | Tito RABAT | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 294.2 | 2'07.315 | 2.282 / 0.160 |
| 23 | Andrea IANNONE | ITA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 297.5 | 2'07.923 | 2.890 / 0.608 |