De tweede dag van de Grand Prix van Maleisië werd opnieuw gekenmerkt door tropische regenval halverwege de kwalificatie van de Moto3, waardoor deze door de wedstrijdleiding korte tijd moest worden stilgelegd.
De kwalificatie werd op dat moment door Jorge Navarro aangevoerd en de Spaanse Estrella Galicia 0.0 Honda coureur zette ook in het tweede in de laatste minuten de snelste tijd, maar met de officiële tijd al verstreken dook Brad Binder ééntiende onder Navarro’s tijd door en kwalificeerde zich daarmee voor de zesde keer dit seizoen op de pole position.
Francesco Bagnai reed in zijn laatste ronde de derde tijd en maakte daarmee de eerste startrij compleet. Bo Bendsneyder verbeterde in het tweede deel zijn eigen tijd niet meer, maar zijn tijd van 2’27.604 was nog altijd goed voor de zevende plaats op de grid. Livio Loi kwam niet verder dan een teleurstellende 23e plaats, maar heeft wel alle vertrouwen in de race.
Moto3 Sepang, kwalificatie:
| 1 | Brad BINDER | RSA | Red Bull KTM Ajo | KTM | 218.4 | 2'26.268 | |
| 2 | Jorge NAVARRO | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | 214.4 | 2'26.361 | 0.093 / 0.093 |
| 3 | Francesco BAGNAIA | ITA | Pull & Bear Aspar Mahindra Team | Mahindra | 210.8 | 2'26.395 | 0.127 / 0.034 |
| 4 | Lorenzo DALLA PORTA | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 216.6 | 2'27.078 | 0.810 / 0.683 |
| 5 | Gabriel RODRIGO | ARG | RBA Racing Team | KTM | 220.5 | 2'27.307 | 1.039 / 0.229 |
| 6 | Niccolò ANTONELLI | ITA | Ongetta-Rivacold | Honda | 217.6 | 2'27.355 | 1.087 / 0.048 |
| 7 | Bo BENDSNEYDER | NED | Red Bull KTM Ajo | KTM | 214.8 | 2'27.604 | 1.336 / 0.249 |
| 8 | Jorge MARTIN | SPA | Pull & Bear Aspar Mahindra Team | Mahindra | 210.8 | 2'27.642 | 1.374 / 0.038 |
| 9 | Fabio QUARTARARO | FRA | Leopard Racing | KTM | 217.1 | 2'27.661 | 1.393 / 0.019 |
| 10 | Aron CANET | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | 216.6 | 2'27.924 | 1.656 / 0.263 |
| 11 | Andrea LOCATELLI | ITA | Leopard Racing | KTM | 219.5 | 2'27.987 | 1.719 / 0.063 |
| 12 | Philipp OETTL | GER | Schedl GP Racing | KTM | 219.8 | 2'28.062 | 1.794 / 0.075 |
| 13 | Nicolo BULEGA | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 221.1 | 2'28.069 | 1.801 / 0.007 |
| 14 | Joan MIR | SPA | Leopard Racing | KTM | 218.3 | 2'28.193 | 1.925 / 0.124 |
| 15 | Jakub KORNFEIL | CZE | Drive M7 SIC Racing Team | Honda | 217.2 | 2'28.215 | 1.947 / 0.022 |
| 16 | Tatsuki SUZUKI | JPN | CIP-Unicom Starker | Mahindra | 212.1 | 2'28.553 | 2.285 / 0.338 |
| 17 | Juanfran GUEVARA | SPA | RBA Racing Team | KTM | 221.6 | 2'28.718 | 2.450 / 0.165 |
| 18 | Adam NORRODIN | MAL | Drive M7 SIC Racing Team | Honda | 217.9 | 2'28.965 | 2.697 / 0.247 |
| 19 | Fabio DI GIANNANTONIO | ITA | Gresini Racing Moto3 | Honda | 216.1 | 2'28.982 | 2.714 / 0.017 |
| 20 | Khairul Idham PAWI | MAL | Honda Team Asia | Honda | 216.0 | 2'28.989 | 2.721 / 0.007 |
| 21 | Ayumu SASAKI | JPN | Gresini Racing Moto3 | Honda | 219.2 | 2'29.267 | 2.999 / 0.278 |
| 22 | Hafiq AZMI | MAL | Peugeot MC Saxoprint | Peugeot | 212.0 | 2'29.334 | 3.066 / 0.067 |
| 23 | Livio LOI | BEL | RW Racing GP BV | Honda | 217.4 | 2'29.380 | 3.112 / 0.046 |
| 24 | Jules DANILO | FRA | Ongetta-Rivacold | Honda | 210.6 | 2'29.595 | 3.327 / 0.215 |
| 25 | Hiroki ONO | JPN | Honda Team Asia | Honda | 219.7 | 2'30.248 | 3.980 / 0.653 |
| 26 | Andrea MIGNO | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 216.7 | 2'30.747 | 4.479 / 0.499 |
| 27 | Albert ARENAS | SPA | Peugeot MC Saxoprint | Peugeot | 212.8 | 2'30.872 | 4.604 / 0.125 |
| 28 | Marcos RAMIREZ | SPA | Platinum Bay Real Estate | Mahindra | 213.6 | 2'30.961 | 4.693 / 0.089 |
| 29 | Lorenzo PETRARCA | ITA | 3570 Team Italia | Mahindra | 209.0 | 2'32.151 | 5.883 / 1.190 |
| 30 | Stefano VALTULINI | ITA | 3570 Team Italia | Mahindra | 209.7 | 2'32.346 | 6.078 / 0.195 |
| 31 | Darryn BINDER | RSA | Platinum Bay Real Estate | Mahindra | 215.3 | 2'32.592 | 6.324 / 0.246 |
| Maria HERRERA | SPA | MH6 Team | KTM | 213.2 | 2'36.698 | 10.430 / 4.106 | |
| Fabio SPIRANELLI | ITA | CIP-Unicom Starker | Mahindra |
