Zoals de naam al doet vermoeden wordt de vorig jaar geïntroduceerde 48H Chrono etappe over twee dagen verreden als vervanging van de marathon-etappe. In totaal moet bijna 1.000 kilometer worden afgelegd, waarvan 947 kilometer getimede special, waarbij de deelnemers om 17:00 uur lokale tijd naar het dichtstbijzijnde bivak om daar de nacht door te brengen.
Net als voorheen bij de marathon-etappe geld ook nu dat de deelnemers in tenten slapen en alleen zelf aan de motoren mogen sleutelen of elkaar helpen, maar het zonder technische ondersteuning van het team zullen moeten doen.
De RallyGP rijders begonnen het eerste deel in omgekeerde volgorde van het resultaat van etappe 1, wat betekende dat de route opnieuw werd geopend door de onfortuinlijke Mohammed Balooshi (Fantic), die snel werd ingehaald door rijders die later waren gestart en niet konden profiteren van de bonusregel. Antonio Maio (Yamaha), Daniel Nosiglia Jager (Rieju), Mason Klein (Kove) en Adrian van Beveren (Honda) openden de route, althans tijdelijk.
De top vijf van zaterdag profiteerde daarentegen van de latere startposities, vond de sporen van 20 rijders in het zand en ploegde in een enorm tempo door het veld. Vooral etappewinnaar Daniel Sanders (Red Bull KTM) zette vanaf kilometer 95 de snelste tijden neer. Ross Branch (Hero), Ricky Brabec (Honda) en Skyler Howes (Honda) volgden met een respectabele achterstand van minder dan een minuut, terwijl ze binnen elkaars zicht reden.
Toen de rijders na 200 kilometer de eerste duinen bereikten, werden de gaten groter - dit gedeelte in diep zand strekte zich uit over meer dan 200 kilometer. Nu namen de toppers de navigatie over en voerden niet alleen de tijd aan, maar ook op de piste. Na 320 kilometer had Sanders Ricky Brabec (Honda), Ross Branch (Hero) en andere rijders die voor hem waren gestart ingehaald en reden ze samen als een peloton door de duinen.
Terwijl de RallyGP-rijders het tweede bivak op kilometer 520 al achter zich hadden gelaten, waren slechts 51 rijders het waypoint op kilometer 413 gepasseerd. Aan het einde van de toegestane tijd kwamen de leiders als groep aan bij het voorlaatste bivak. De verschillen waren iets veranderd.
De snelste tijd van 7 uur en 41 minuten ging naar Sanders, die ook bijna drie minuten bonustijd krijgt, gevolgd door Ricky Brabec (Honda) en Ross Branch (Hero). De Honda-rijders Adrian van Beveren en Tosha Schareina kregen zelfs respectievelijk 6:50 min en 4:56 min tijdskrediet.
Dakar 2025, tussentijd etappe 2:
| Rijder | Team | Tijd | Verschil | Tijdstraf | |
| 1 | AUS | DANIEL SANDERS | RED BULL KTM FACTORY RACING | 07H41'56" | |
| 2 | USA | RICKY BRABEC | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 07H42'36" | +00H00'40" |
| 3 | BWA | ROSS BRANCH | HERO MOTOSPORTS TEAM RALLY | 07H45'47" | +00H03'51" |
| 4 | ESP | TOSHA SCHAREINA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 07H47'05" | +00H05'09" |
| 5 | USA | SKYLER HOWES | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 07H50'34" | +00H08'38" |
| 6 | ZAF | MICHAEL DOCHERTY | BAS WORLD KTM RACING TEAM | 07H52'18" | +00H10'22" |
| 7 | ESP | EDGAR CANET | RED BULL KTM FACTORY RACING | 07H53'21" | +00H11'25" |
| 8 | CHL | PABLO QUINTANILLA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 07H54'35" | +00H12'39" |
| 9 | ARG | LUCIANO BENAVIDES | RED BULL KTM FACTORY RACING | 07H54'42" | +00H12'46 |
| 10 | FRA | ADRIEN VAN BEVEREN | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 07H56'11" | +00H15'15" |
