Hoewel Sykes in de kwalificatie voorafgaand aan Superpole ook al de snelste tijd op de klokken had gezet leken in de strijd om de pole position beide Althea Ducati coureurs Giugliano en Checa betere kaarten in huis te hebben. Met name Giugliano was het hele weekend al snel geweest en had ook in de tweede vrije training, voorafgaand aan Superpole, de snelste tijd op de klokken gezet.
Aan het eind van Superpole 1 was het echter Marco Melandri die het veld had aangevoerd, voor Eugene Laverty op de Aprilia RSV4 en wereldkampioen Carlos Checa. Voor Max Biaggi kwam Superpole vroegtijdig ten einde, de leider in het wereldkampioenschap nam de gok geen qualifier in te zetten en faalde daardoor zich te kwalificeren voor Superpole 2.
Superpole 2 werd vroegtijdig afgevlagd, nadat Giugliano's Ducati olie had gelekt en dientengevolge meerdere coureurs ten val waren gekomen. Terwijl de Marshalls druk bezig waren het circuit schoon te maken werd een herstart aangekondigd, welke werd uitgesteld nadat het lichtjes was gaan regenen.
Hierop besloot de wedstrijdleiding om Superpole om te zetten in een 'wet Superpole', wat de resterende 12 coureurs nog één sessie van 20 minuten gaf. Tom Sykes zette daarin de snelste tijd en scoorde niet alleen zijn zevende pole position van het seizoen, maar zette tevens een nieuw ronderecord. De Brit was bijna een halve seconde sneller dan Carlos Checa, die op zijn beurt bijna drietiende seconde sneller was dan Eugene Laverty, Checa's teamgenoot Davide Giugliano maakte de eerste startrij compleet.
WK Superbike Brno, Superpole:
1.Tom SykesGBRKawasaki Racing TeamZX-10R1m 58.010s
2.Carlos ChecaESPAlthea Racing1098R1m 58.470s
3.Eugene LavertyIRLAprilia Racing TeamRSV41m 58.741s
4.Davide GiuglianoITAAlthea Racing1098R1m 58.789s
5.Marco MelandriITABMW Motorrad MotorsportS1000RR1m 58.885s
6.Jonathan ReaGBRHonda World Superbike TeamCBR1000RR1m 59.560s
7.Leon HaslamGBRBMW Motorrad MotorsportS1000RR1m 59.583s
8.Michel FabrizioITABMW Motorrad Italia GoldBetS1000RR1m 59.621s
9.Chaz DaviesGBRParkinGO MTC RacingRSV41m 59.748s
10.Jakub SmrzCZELiberty Racing Team Effenbert1098R1m 59.871s
11.David SalomESPTeam PederciniZX-10RNo Time
12.Ayrton BadoviniITABMW Motorrad Italia GoldBetS1000RRNo Time
13.Leon CamierGBRFIXI Crescent SuzukiGSX-R10001m 59.439s
14.Max BiaggiITAAprilia Racing TeamRSV41m 59.453s
15.Loris BazFRAKawasaki Racing TeamZX-10R1m 59.627s
16.John HopkinsUSAFIXI Crescent SuzukiGSX-R10001m 59.973s