Met uitzondering van drie deelnemers die de nacht alleen in de woestijn doorbrachten, werden de motorrijders op zondag verdeeld over verschillende bivakken, van waaruit ze op verschillende tijdstippen aan het tweede deel van de 48H Chrono etappe begonnen. De beste rijders (24 in totaal) hadden het de eerste dag tot bivak E na 671 kilometer geschopt.
Om zeven uur plaatselijke tijd opende Tosha Schareina (Honda) het tweede deel van de 48H Chrono, gevolgd door Ricky Brabec (Honda), Nacho Cornejo (Hero), Rui Goncalves (Sherco) en Ross Branch (Hero). Leider Daniel Sanders (Red Bull KTM) was als zevende gestart.
Op kilometer 743 had Sanders Brabec ingehaald, die vijf minuten voor hem was gestart - een sterke prestatie van de Australiër. Ondertussen reed Schareina, die had samengewerkt met zijn teamgenoten Pablo Quintanilla en Adrien van Beveren en lichte navigatieproblemen had, aan de leiding. De jonge Spanjaard verdiende echter bonustijd voor zijn leiderswerk, waardoor hij tijdelijk tweede stond achter Sanders.
Maar Sanders reed als de duivel en haalde Schareina in de volgende 60 kilometer ook in en was nu degene die de route opende. De 30-jarige maakte geen fouten en schreef ook de tweede etappe overtuigend op naam.
Met overwinningen in de proloog en etappes 1 en 2 is de Red Bull KTM-coureur de 47ste editie van de Dakar ontzettend dominant, maar zo vroeg in de Dakar zegt dat helemaal niets. Joan Barreda schreef in 2017 drie opeenvolgende etappes op naam, maar de eindoverwinning dat jaar ging naar Sam Sunderland.
Dakar 2025, uitslag 48H Chrono etappe 2:
| Rijder | Team | Tijd | Verschil | Tijdstraf | |
| 1 | AUS | DANIEL SANDERS | RED BULL KTM FACTORY RACING | 11H12'13'' | |
| 2 | FRA | ADRIEN VAN BEVEREN | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 11H18'58'' | +00H06'45'' |
| 3 | USA | SKYLER HOWES | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 11H19'50'' | +00H07'37'' |
| 4 | ESP | TOSHA SCHAREINA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 11H19'54'' | +00H07'41'' |
| 5 | BWA | ROSS BRANCH | HERO MOTOSPORTS TEAM RALLY | 11H22'15'' | +00H10'02'' |
| 6 | ARG | LUCIANO BENAVIDES | RED BULL KTM FACTORY RACING | 11H24'02'' | +00H11'49'' |
| 7 | ZAF | MICHAEL DOCHERTY | BAS WORLD KTM RACING TEAM | 11H24'03'' | +00H11'50'' |
| 8 | USA | RICKY BRABEC | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 11H25'00'' | +00H12'47'' |
| 9 | CHL | PABLO QUINTANILLA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 11H25'52'' | +00H13'39'' |
| 10 | ESP | EDGAR CANET | RED BULL KTM FACTORY RACING | 11H27'56'' | +00H15'43'' |
Tussenstand:
| Rijder | Team | Tijd | Verschil | Tijdstraf | ||
| 1 | AUS | DANIEL SANDERS | RED BULL KTM FACTORY RACING | 16H10'31'' | ||
| 2 | USA | SKYLER HOWES | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 16H23'07'' | +00H12'36'' | |
| 3 | BWA | ROSS BRANCH | HERO MOTOSPORTS TEAM RALLY | 16H23'11'' | +00H12'40'' | |
| 4 | ESP | TOSHA SCHAREINA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 16H23'19'' | +00H12'48'' | |
| 5 | USA | RICKY BRABEC | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 16H25'40'' | +00H15'09'' | |
| 6 | FRA | ADRIEN VAN BEVEREN | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 16H32'41'' | +00H22'10'' | |
| 7 | ARG | LUCIANO BENAVIDES | RED BULL KTM FACTORY RACING | 16H33'02'' | +00H22'31'' | 00H02'00'' |
| 8 | CHL | PABLO QUINTANILLA | MONSTER ENERGY HONDA HRC | 16H35'43'' | +00H25'12'' | |
| 9 | CHL | JOSE IGNACIO CORNEJO FLORIMO | HERO MOTOSPORTS TEAM RALLY | 16H57'28'' | +00H46'57'' | |
| 10 | ESP | EDGAR CANET | RED BULL KTM FACTORY RACING | 16H58'38'' | +00H48'07'' |
