Na de proloog van zaterdag, was de zondag verreden tweede etappe van Pisco naar Pisco een ware beproeving voor de Dakar rijders. De etappe bestond over een special van 242 kilometer en een verbindingsstuk van 85 kilometer weer terug naar Pisco. Dakar 2012 winnaar Cyril Despres ging samen met enkele andere rijders in de mist bij de zoektocht naar waypoint km 74, verloor daardoor veel tijd en staat nu 5e in het algemeen klassement, op iets meer dan 8 minuten van dagwinnaar Joan Barreda.
Volgens Frans Verhoeven, die de eerste dag een uitstekende proloog had gereden en op één seconde de dagwinst aan zijn neus voorbij had zien gaan, lag het waypoint een kilometer verder naar links dan zou moeten volgens het roadbook en de kompaskoers. Samen met Lopez, Despres en Casteu werd een tijdlang in rondjes gereden op zoek naar het gewraakte waypoint. Helder Rodrigues was ook niet vrij van pech, met nog 4 kilometer te gaan kwam de Honda rijder met een lege tank stil te staan en moest wachten op teamgenoot Pizzolito.
Uitslag etappe 2:
| 1 | 5 | BARREDA BORT (ESP) | HUSQVARNA | 02:42:31 | - |
| 2 | 12 | PEDRERO (ESP) | KTM | 02:45:47 | 00:03:16 |
| 3 | 39 | FISH (AUS) | HUQSVARNA | 02:48:24 | 00:05:53 |
| 4 | 11 | FARIA (PRT) | KTM | 02:48:57 | 00:06:26 |
| 5 | 29 | CASELLI (USA) | KTM | 02:49:41 | 00:07:10 |
| 6 | 37 | CURTIS (ZAF) | KTM | 02:50:20 | 00:07:49 |
| 7 | 10 | CASTEU (FRA) | YAMAHA | 02:50:39 | 00:08:08 |
| 8 | 4 | VILADOMS (ESP) | HUSQVARNA | 02:50:46 | 00:08:15 |
| 9 | 92 | ISRAEL ESQUERRE (CHL) | HONDA | 02:50:50 | 00:08:19 |
| 10 | 8 | ULLEVALSETER (NOR) | KTM | 02:52:13 | 00:09:42 |
Tussenstand:
| 1 | 5 | BARREDA BORT (ESP) | HUSQVARNA | 03:24:11 | - |
| 2 | 11 | FARIA (PRT) | KTM | 03:29:47 | 00:05:36 |
| 3 | 12 | PEDRERO (ESP) | KTM | 03:30:47 | 00:06:36 |
| 4 | 10 | CASTEU (FRA) | YAMAHA | 03:31:09 | 00:06:58 |
| 5 | 1 | DESPRES (FRA) | KTM | 03:33:01 | 00:08:50 |
| 6 | 39 | FISH (AUS) | HUQSVARNA | 03:33:29 | 00:09:18 |
| 7 | 37 | CURTIS (ZAF) | KTM | 03:33:30 | 00:09:19 |
| 8 | 8 | ULLEVALSETER (NOR) | KTM | 03:33:38 | 00:09:27 |
| 9 | 4 | VILADOMS (ESP) | HUSQVARNA | 03:33:46 | 00:09:35 |
| 10 | 92 | ISRAEL ESQUERRE (CHL) | HONDA | 03:33:50 | 00:09:39 |
