Met de top 10 binnen een halve seconde gekwalificeerd was de allereerste kwalificatie van het 2022 een echt spektakelstuk waar in de laatste minuten de startopstelling behoorlijk op z'n kop werd gezet, maar waar de eerste tik al in de derde vrije training werd uitgedeeld.
Tegen de verwachting in wisten Pecco Bagnaia, Pol Espargaro en Enea Bastianini in de slotfase van FP3 hun tijd van vrijdag te verbeteren, waardoor Fabio Quartararo terugviel naar buiten de top 10 en daardoor zijn eerste kwalificatie als wereldkampioen eerst in Q1 aan de bak moest.
De Monster Energy Yamaha coureur zette in zijn tweede vliegende ronde met een 1'53.654 meteen zijn snelste tijd van het weekend en leek daarmee samen met landgenoot Johann Zarco, die vlak daarvoor een 1'53.780 had gezet, door te stromen naar Q2, maar in de laatste minuut leek het er voor Quartararo niet goed uit te zien.
In zijn tweede run dook Johann Zarco ruim tweetiende onder de tijd van Quartararo door, maar zag die tijd geschrapt vanwege een gele vlag op de baan. Brad Binder had zijn laatste vliegende ronde beter getimed en zette eveneens een snellere tijd dan Quartararo, waardoor zonder gele vlag de wereldkampioen het geeneens tot Q2 zou hebben gebracht.
Tien minuten later zette Aleix Espargaro in Q2 als eerste een tijd op de klok, met Joan Mir en Marc Marquez vlak achter hem op de baan. Mir zette in zijn eerste vliegende ronde een redelijk bescheiden tijd, maar Marquez zat zó dicht op zijn achterwiel dat hij Mir op het rechte stuk bijna aan had getikt.
Dankzij het sleepje van Mir zette Marquez echter wel de snelste tijd, ruim 3 tiende seconde sneller dan Aleix Espargaro, maar niet voor lang. In zijn tweede vliegende ronde zette Jack Miller een 1'53.411 en zette daarmee Marquez terug naar de tweede plaats op de grid.
In zijn tweede run speelde Marc Marquez opnieuw een tactisch spel en koos ditmaal Pecco Bagnaia als slachtoffer, wat hem met een 1'53.283 opnieuw de voorlopige pole position opleverde, terwijl Bagnaia met een 1'53.411 exact dezelfde tijd reed als Miller in zijn eerste run.
Miller reed in de eerste vliegende ronde van zijn tweede run, die hij in het achterwiel van Marc Marquez begon op het moment dat hij zijn snelste tijd had gezet, nog eens eentiende van zijn eigen tijd af en leek daarmee zeker te zijn van een plaats op de eerste rij, met naast hem Pecco Bagnaia op P3, maar dat veranderde allemaal in de laatste minuten van Q2.
Met nog iets meer dan 1 minuut officiële tijd te gaan zette Jorge Martin de klok stil op 1'53.011, bijna 3 tiende sneller dan Marc Marquez en 95 honderdste sneller dan zijn poletijd in de Grand Prix van Doha als tweede van de back-to-back in Qatar afgelopen jaar.
Daarna ging het snel. In hun laatste vliegende ronde verbeterden Enea Bastianini, Aleix en diens broer Pol Espargaro en Joan Mir hun eigen tijd, wat Bastianini zelfs de tweede plaats op de eerste startrij opleverde. Miller viel daardoor terug naar vierde plaats, maar voor Bagnaia was de schade nog veel erger, hij viel terug naar negende plaats op de grid.
Voor Yamaha was de kwalificatie om snel te vergeten. Zowel Fabio Quartararo als Franco Morbidelli speelde geen enkele rol van betekenis en kwamen niet verder dan een enorm teleurstellende 11e en 12e plaats in Q2.
MotoGP Qatar, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Jorge Martin | ESP | Pramac Racing | Ducati | 1'53.011 | |
| 2 | Enea Bastianini | ITA | Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'53.158 | +0.147 |
| 3 | Marc Marquez | ESP | Repsol Honda Team | Honda | 1'53.283 | +0.272 |
| 4 | Jack Miller | AUS | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'53.298 | +0.287 |
| 5 | Aleix Espargaro | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | 1'53.319 | +0.308 |
| 6 | Pol Espargaro | ESP | Repsol Honda Team | Honda | 1'53.346 | +0.335 |
| 7 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'53.350 | +0.339 |
| 8 | Joan Mir | ESP | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'53.407 | +0.396 |
| 9 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'53.411 | +0.400 |
| 10 | Alex Rins | ESP | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'53.481 | +0.470 |
| 11 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'53.635 | +0.624 |
| 12 | Franco Morbidelli | ITA | Monster Energy Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'53.982 | +0.971 |
| Q1 | ||||||
| 13 | Johann Zarco | FRA | Pramac Racing | Ducati | 1'53.780 | +0.268 |
| 14 | Miguel Oliveira | PRT | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'53.819 | +0.307 |
| 15 | Marco Bezzecchi | ITA | Mooney VR46 Racing Team | Ducati | 1'53.915 | +0.403 |
| 16 | Takaaki Nakagami | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 1'54.038 | +0.526 |
| 17 | Luca Marini | ITA | Mooney VR46 Racing Team | Ducati | 1'54.222 | +0.710 |
| 18 | Alex Marquez | ESP | LCR Honda Castrol | Honda | 1'54.224 | +0.712 |
| 19 | Maverick Viñales | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | 1'54.228 | +0.716 |
| 20 | Andrea Dovizioso | ITA | WithU Yamaha RNF MotoGP Team | Yamaha | 1'54.244 | +0.732 |
| 21 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'54.276 | +0.764 |
| 22 | Remy Gardner | AUS | Tech3 KTM Factory Racing | KTM | 1'54.378 | +0.866 |
| 23 | Raul Fernandez | ESP | Tech3 KTM Factory Racing | KTM | 1'54.889 | +1.377 |
| 24 | Darryn Binder | RSA | WithU Yamaha RNF MotoGP Team | Yamaha | 1'56.011 | +2.499 |