De snelste stage van de Rally, tenminste het eerste deel, zo was de tweede etappe van de 2014 Dakar Rally, die van San Luis naar San Rafael ging, door de organisatie omschreven. Vanuit San Luis moest er eerst 304 kilometer verbinding worden afgelegd, gevolgd door de getimede stage van 359 kilometer en nog 62 kilometer verbinding tot San Rafael.
Winnaar van de eerste etappe Joan Barreda begon als eerste aan de proef, wist al snel opnieuw een voorsprong op te bouwen en leek op weg naar zijn tweede dagzege op rij, tot een koe een streep door die rekening trok. Barreda probeerde de koe te ontwijken, maar die rende recht op hem af. De impact was niet groot, maar groot genoeg om zijn navigatie te beschadigen, waardoor Barreda de laatste 70 kilometer het roadbook handmatig moest afwerken.
De aanvaring met een lokale koe gaf de leiding in handen van teamgenoot Sam Sunderland, die een probleemloze tweede dag had gehad. Het was de eerste etappezege voor de Britse HRC coureur en de tweede opeenvolgende dagzege voor Honda. Dankzij zijn dagzege klom Sunderland in het algemeen klassement op naar de derde plaats, op tweeënhalve minuut van Barreda.
Snelste KTM rijder was niet Marc Coma, maar Chaleco López die net als Sunderland de zware woestijnduinen probleemloos overwon en uiteindelijk maar 39 seconden op de Brit moest toegeven. KTM's hoop in bange dagen Marc Coma verloor veel tijd met een steen die tussen de versnellingsbak en de schakelpook zat ingeklemd. De Spanjaard eindigde de stage op 8'23 minuten van Sunderland en is daardoor in het algemeen klassement teruggevallen naar de vijfde plaats.
De tweede etappe van de 2014 Dakar verliep minder voorspoedig voor het Yamaha kamp. De van KTM weggekochte Cyril Despres kwam na 250 kilometer ten val en werd over het stuur van zijn YZ450F machine geworpen, maar gelukkig voor hem en de Yamaha was de landing zacht, waardoor hij zijn weg kon vervolgen. Olivier Pain verloor in het begin veel tijd door stof op de piste, evenals Frans Verhoeven die zich daarna niet gek liet maken om koste wat kost tijd goed te maken.
Uitslag 2e etappe:
| 1 | Sam Sunderland | 03:42:10 | ENG | HONDA | TEAM HRC |
| 2 | Chaleco López | +00'39 | CHI | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 3 | Joan Barreda | +02'00 | ESP | HONDA | TEAM HRC |
| 4 | Ruben Faria | +04'07 | PRT | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 5 | Alain Duclos | +05'51 | FRA | SHERCO | Sherco Rally Factory |
| 6 | Ben Grabham | +07'15 | AUS | KTM | KTM AUS Rally Factory Team |
| 7 | David Casteu | +07'27 | FRA | KTM | Team Casteu |
| 8 | Paulo Goncalves | +07'45 | PRT | HONDA | TEAM HRC |
| 9 | Marc Coma | +08'23 | ESP | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 10 | Cyril Despres | +08'43 | FRA | YAMAHA | Yamaha Racing |
| 16 | Frans Verhoeven | +14'39 | NED | YAMAHA | Yamaha Racing |
| 29 | Henk Knuiman | +34'26 | NED | KTM | HSF Logistics Motorsports Rally Team |
Tussenstand:
| 1 | Joan Barreda | 06:09'41 | ESP | HONDA | TEAM HRC |
| 2 | Chaleco López | +02'03 | CHI | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 3 | Sam Sunderland | +02'33 | ENG | HONDA | TEAM HRC |
| 4 | Alain Duclos | +05'47 | FRA | SHERCO | Sherco Rally Factory |
| 5 | Marc Coma | +07'00 | ESP | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 6 | Ruben Faria | +07'18 | PRT | KTM | KTM Red Bull Rally Factory |
| 7 | Paulo Goncalves | +08'10 | PRT | HONDA | TEAM HRC |
| 8 | Cyril Despres | +08'23 | FRA | YAMAHA | Yamaha Racing |
| 9 | Ben Grabham | +10'05 | AUS | KTM | KTM AUS Rally Factory Team |
| 10 | David Casteu | +10'59 | FRA | KTM | Team Casteu |
| 15 | Frans Verhoeven | +19'37 | NED | YAMAHA | Yamaha Racing |
| 28 | Henk Knuiman | +48'39 | NED | KTM | HSF Logistics Motorsports Rally Team |
