Na veel regen op vrijdag, met slechts 15 minuten training op een sterk opdrogende baan aan het eind van FP1 en extreem zware regenval vlak voor de Practice sessie, die daardoor moest worden uitgesteld, was de kwalificatie voor de Tsjechische Grand Prix op het Automotodromo Brno voor alle coureurs een grote gok.
In het enige écht droge halfuur van FP2 had Marc Marquez, niet als op vrijdag in beide sessies, de snelste tijd gezet en was op het nieuwe asfalt met een 1'53.145 al bijna anderhalve seconde onder zijn eigen all-time ronderecord gegaan, en was daarmee weliswaar de torenhoge favoriet, maar met geen enkele data voor wat betreft een time-attack kon het nog alle kanten opgaan.
En dat deed het ook. In de verregende Practice sessie hadden Pecco Bagnaia en Fabio Di Giannantonio zich niet in de top 10 getraind en moesten daardoor eerst in Q1 aan de bak, evenals Fermin Aldeguer en Raul Fernandez, die het de laatste tijd steeds vaker tot Q2 schopt. In zijn eerste run in het kielzog van Pecco Bagnaia weet Maverick Vinales vervanger en KTM testrijder Pol Espargaro vriend en vijand te verrassen met een 1'53.163, slechts een fractie langzamer dan de tijd die Marquez in FP2 had gezet.
Met het kleinste verschil van 32 duizendste seconde zet Diggia amper 10 seconden later echter wel een nieuw all-time ronderecord. Op jacht naar een verbetering van zijn eigen tijd verremd Bagnaia zich vervolgens in bocht 5, duikt daarna meteen terug in de pits en valt steeds verder terug in de lijst, zijn 1'53.673 goed voor slechts de vijfde tijd.
Op het moment dat het hele veld terugkeert naar de pits besluit Bagnaia weer de baan op te gaan voor zijn tweede run, om op een vrije baan een 1'52.715 te realiseren, meer dan 4 tiende seconde onder de tijd die Diggia had gezet en de allereerste 1.52 op het circuit van Brno.
Niemand die daarna nog in staat was die tijd van Bagnaia aan te scherpen, de enige die dicht in de buurt kwam was Raul Fernandez, die slechts 6 honderdste seconde verwijderd was en daarmee Di Giannantonio van de tweede plaats verdrong. Diggia verbeterde zijn eigen tijd nog wel en zette ook een 1'52 op de klok, maar kwam eentiende seconde op de tijd van de Trackhouse Aprilia coureur tekort.
Op naar Q2. Marc Marquez was als eerste de baan opgegaan, met broer Alex in zijn kielzog, en zette in zijn allereerste vliegende ronde meteen een 1'52.522 op de klok, 2 tiende sneller dan het all-time ronderecord dat teamgenoot Pecco in Q1 had gezet, met Fabio Quartararo op eentiende seconde en Marco Bezzecchi daar weer 29 duizendste seconde achter en Alex Marquez slechts de vijfde tijd op ruim 3 tiende seconde van zijn oudere broer.
Bagnaia had in zijn eerste run zelfs helemaal geen tijd op de klok gezet en was in plaats daarvan weer terug naar de pits gegaan, waar hij lange tijd de training bleef gadeslaan, tot hij - net als in Q1 - op een vrije baan begon aan zijn enige run. Met nog geen enkele tijd op de klok nam Bagnaia daarmee ontzettend veel risico, maar dat pakte goed uit. Met een 1'52.303 zette Bagnaia een nieuw all-time ronderecord, 2 tiende sneller dan de tijd die Marc had gezet.
De gebroeders Marquez waren inmiddels weer de baan opgegaan voor hun tweede run en kwamen bij Bagnaia uit, die vervolgens met Alex Marquez verwikkeld raakte in de strijd om het sleepje van Marc Marquez, dat in het voordeel van de 2-voudig MotoGP wereldkampioen werd beslecht. Veel had hij er echter niet aan, Marc nam in de eerste sector meteen afstand en leek op weg naar een nieuw all-time ronderecord - de allereerste 1'51 op Brno - maar ging in de voorlaatste bocht onderuit.
"Ik remde al harder dan normaal omdat ik Johann Zarco vlak voor me onderuit zag gaan, maar schrok van de enorme stofwolk en remde daardoor iets te hard en ging onderuit", zei de 8-voudig wereldkampioen die alle geluk van de wereld had dat op dat moment nog geen gele vlag werd gezwaaid. Anders had het hem een dubbele Long Lap penalty in de race gekost. Nu start hij de Sprint en de Grand Prix op de tweede plaats van de eerste rij, geflankeerd door Bagnaia op de pole en Quartararo op P3.
Marco Bezzecchi eindigde Q2 met de vierde tijd, terwijl Joan Mir en Raul Fernandez in hun tweede run op wisten te klimmen naar de 5e en 6e plek op de tweede rij, waardoor Alex Marquez terugviel naar de 8e plaats op de derde rij, achter Pedro Acosta en voor Johann Zarco. Jorge Martin eindigde zijn allereerste Q2 optreden van het seizoen op de 12e plaats, op 1,3 seconden van de pole.
MotoGP Brno, uitslag kwalificatie:
| Rijder | Team | Merk | Tijd | Verschil | ||
| 1 | Pecco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'52.303 | |
| 2 | Marc Marquez | ESP | Ducati Lenovo Team | Ducati | 1'52.522 | +0.219 |
| 3 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'52.608 | +0.305 |
| 4 | Marco Bezzecchi | ITA | Aprilia Racing | Aprilia | 1'52.644 | +0.341 |
| 5 | Joan Mir | ESP | Honda HRC Castrol | Honda | 1'52.763 | +0.460 |
| 6 | Raul Fernandez | ESP | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'52.796 | +0.493 |
| 7 | Pedro Acosta | ESP | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'52.830 | +0.527 |
| 8 | Alex Marquez | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'52.850 | +0.547 |
| 9 | Johann Zarco | FRA | CASTROL Honda LCR | Honda | 1'52.877 | +0.574 |
| 10 | Jack Miller | AUS | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'52.980 | +0.677 |
| 11 | Enea Bastianini | ITA | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'53.317 | +1.014 |
| 12 | Jorge Martin | ESP | Aprilia Racing | Aprilia | 1'53.614 | +1.311 |
| Q1 | ||||||
| 13 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Pertamina Enduro VR46 Racing Team | Ducati | 1'52.872 | +0.157 |
| 14 | Pol Espargaro | ESP | Red Bull KTM Tech3 | KTM | 1'53.021 | +0.306 |
| 15 | Alex Rins | ESP | Monster Energy Yamaha MotoGP Team | Yamaha | 1'53.085 | +0.370 |
| 16 | Luca Marini | ITA | Honda HRC Castrol | Honda | 1'53.157 | +0.442 |
| 17 | Miguel Oliveira | POR | Prima Pramac Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'53.227 | +0.512 |
| 18 | Fermin Aldeguer | ESP | BK8 Gresini Racing MotoGP | Ducati | 1'53.341 | +0.626 |
| 19 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'53.561 | +0.846 |
| 20 | Takaaki Nakagami | JPN | IDEMITSU Honda LCR | Honda | 1'53.562 | +0.847 |
| 21 | Ai Ogura | JPN | Trackhouse MotoGP Team | Aprilia | 1'53.737 | +1.022 |
| 22 | Augusto Fernandez | ESP | Yamaha Factory Racing Team | Yamaha | 1'53.744 | +1.029 |